アルゴリズム変更の背景

R News に記載されているように乱数生成アルゴリズムのデフォルトが変更されています。

The default method for generating from a discrete uniform distribution (used in sample(), for instance) has been changed. … The previous method can be requested using RNGkind() or RNGversion() if necessary for reproduction of old results.

　
変更の理由は PR#17494 にあるように非常に大きな数値を指定した場合に乱数生成に不具合が出るためです。

前方互換性の確保

書籍などのサンプルコードと同様の結果を得たい場合にはRNGVersion関数で、サンプルコードの環境と同じバージョンを指定します。R Markdownを利用しているのであればセットアップ・チャンクに以下のコードを記述しておくと便利です。
　

if (getRversion() >= "3.6.0") {
  RNGversion("3.2.0")           # サンプルコードが前提としているRのバージョン
}

　
Rソースの場合は最初に実行してください。

set.seed(123)
sample(1000, 900) %>% head(10)

##  [1] 415 463 179 526 195 938 818 118 299 229

RNGversion("3.2.0")
set.seed(123)
sample(1000, 900) %>% head(10)

##  [1] 288 788 409 881 937  46 525 887 548 453

RNGversion(getRversion())
set.seed(123)
sample(1000, 900) %>% head(10)

##  [1] 415 463 179 526 195 938 818 118 299 229